جواد نکونام تابستان سال ۱۳۹۱ به حضور ۶ ساله خود در فوتبال اروپا خاتمه داد و پیراهن استقلال را بر تن کرد تا به یکی از آرزوهای دوران کودکی خودش برسد. جواد پیراهن آبی را بر تن کرد و بهار سال ۹۲ با استقلال توانست قهرمانی در لیگ برتر را جشن بگیرد ولی زمستان آن سال دوره حضورش در جمع آبی‌پوشان به پایان رسید و او طی یک توافق دوجانبه از استقلال جدا شد.
اتفاق بسیار مهمی که خبرورزشی هفدهم دی ماه سال ۹۲ گزارش مفصل و دقیقی از آن منتشر کرد. طبق این گزارش، علی فتح‌الله‌زاده مدیرعامل وقت باشگاه استقلال در جلسه‌ای که فقط نیم ساعت به طول انجامید، با جدایی نکونام موافقت کرد و حتی از او نپرسید می‌خواهد فوتبالش را در کدام تیم دنبال کند! البته فتح‌الله‌زاده مدعی بود که امیر قلعه‌نویی سرمربی وقت استقلال قطعا به نکونام اجازه جدایی نخواهد داد ولی جواد در پاسخ به این مسئله تاکید کرد اگر قلعه‌نویی او را بخواهد، حاضر است ۳ سال مجانی برای استقلال بازی کند! در واقع نکونام می‌دانست که سرمربی تیم برای جدا شدن او چراغ سبز نشان داده و به همین خاطر کارهای مربوط به صدور رضایتنامه جواد نکونام طی کمتر از یک ساعت انجام شد تا او در فاصله چند ماه مانده به آغاز جام جهانی ۲۰۱۴ برزیل برای ادامه فوتبال خود راهی کویت شود.
نکته این‌جا بود که چند روز قبل از جدا شدن جواد نکونام، پژمان منتظری هم از استقلال رضایتنامه گرفت و به لیگ قطر رفت.
